后来来欧阳锋强攻入墓，抵挡不住，险些便要放断龙石与他同归于尽，幸得在危急之际发动机关，又突然发出金针。欧阳锋猝不及防，为金针所伤，麻痒难当，乘势点了他的穴道，制得他动弹不得。只可惜欧阳锋早已练成九阴假经，懂得经脉逆行, 不惧任何点穴, 突起发难，中了他的毒手, 受了重伤。
受伤之后，搬了居室，远离寒玉床。至死都不肯说欧阳锋的名字, 希望小龙女别有报仇之念。孙婆婆问她是不是欧阳锋，她总是摇头，微笑了一下，便此断气了。遗体安葬在活死人墓的石棺中。
临死前，预计到李莫愁会强抢玉女心经，于是在古墓的机关放了玉蜂针，并留信交代在小龙女十八岁生日的时候，正式成为第三代掌门人。
李明启版孙婆婆
如果李莫愁不痛改前非，小龙女会以掌门身份清理门户。不过此举只增强李莫愁对玉女心经的野心, 间接促成李莫愁对小龙女和杨过的迫害。
小龙女第三代掌门时期
李莫愁贪念尘世，逃出古墓，为古墓派闯出名声，曾与陆展元相恋，后来陆展元移情于“农夫”武三通的义女何沅君，因而令李莫愁身心大受打击而性情大变，成为杀人如麻的女魔头。先后收洪凌波和被她灭门的陆无双为徒, 二人没有回古墓。
刘亦菲版小龙女
杨过拜入全真派门下，但却受尽同门侮辱欺凌, 因打伤同门师兄而急忙逃走，得终南山古墓里居住的孙婆婆救出，而孙婆婆也在与全真派冲突中，不幸被郝大通误杀，在孙婆婆的恳请下，小龙女接纳了杨过，杨过拜小龙女为师。其后数年，杨过与小龙女同住古墓之内，与之渐生情愫。
李莫愁及洪凌波趁小龙女练玉女心经受重伤时, 进入古墓向师徒二人施袭, 欲强抢玉女心经, 折磨杨过和小龙女。小龙女放下断龙石欲与李莫愁同归於尽, 最后四人游泳离开古墓。在此期间, 陆无双逃脱，并带走《五毒秘传》。在途中结识了杨过，一起逃避李莫愁的追赶。
杨过和小龙女相爱历经坎坷，终于在一起。二人在中神通王重阳画像前拜堂成亲, 回到古墓办婚礼, 小龙女用林朝英的嫁妆打扮成新娘。李莫愁趁小龙女疗伤时用毒掌伤她, 又被郭芙误射冰魄银针，导致毒素侵入周身大穴，无药可救，小龙女不欲拖累夫君而于绝情谷中跳崖自尽。十六年后, 二人重遇。蒙古军围攻襄阳，杨过及小龙女两人义助郭靖和黄蓉守城，并成功救出被金轮法王掳去的郭襄，暂缓了宋朝之危十余年。
襄阳一战后，杨过及小龙女成为一对扬名天下的英雄夫妇，神雕侠侣的传说亦在民间广为流传。
第三次华山论剑后，杨、龙二人隐居终南山活死人墓，从此绝迹江湖。
孟广美版李莫愁
而洪凌波和李莫愁在绝情谷中，被情花所困，洪凌波死在急着逃出的李莫愁的脚下，李莫愁为了跳出情花丛而把洪凌波当作踏板，但洪凌波死前亦拉着师父的脚使她跳不出情花丛。李莫愁于绝情谷身中情花之毒，被武氏兄弟、程英、陆无双等人围攻下，最终葬身于火海之中。
陆无双本身学得古墓派基本功夫，故而得杨过传授该派最上乘武学《玉女心经》，晋身一流高手之列。晚年和程英在故居嘉兴居住。
赵丹丹版洪凌波
杨蕊版陆无双
後代《倚天屠龙记》时期
黄衫女子第一次出场就帮助丐帮後人夺回了帮主之位，然後告诉丐帮长老她先人和丐帮上代渊源甚深。少林寺的屠狮大会上，黄衫女子登场後揭破峨嵋派第四代掌门周芷若所使的「九阴白骨爪」，并且同以正宗「摧坚神爪」和周芷若激斗，最後大胜。明教教主张无忌问她的姓名，她回答了一句：「终南山後，活死人墓，神雕侠侣，绝迹江湖。」
活死人墓
活死人墓是全真教的创教始祖“中神通”王重阳（重阳真人）建造的，当时为对付金国，以此洞穴佯装古墓作为放置军备武器的地方以待与残部东山再起。后因北宋落末，重阳真人遂以墓穴长居，后因女侠林朝英十分爱王重阳，曾和他比试武艺，重阳真人念其情而甘愿输招让出古墓并交由林朝英及其后人居住，林朝英自知与重阳真人无缘，故与其丫鬟长居此墓穴，并称为“活死人墓”。
林朝英及其丫鬟的画像
由于多年功夫上的较量，重阳真人后曾通过石棺下通道进入古墓，并于墓穴石棺盖内刻九阴真经于其内，盼林朝英死前可知重阳真人并非技不如人，而是有意谦让。（此处有误，在王重阳得到九阴真经之前是无法破解玉女心经的，虽然小处有成但是没有形成完整的一套武功来破解，可知王重阳在得到九阴真经之前武功不如林朝英）但古墓派中石棺中留刻，仅为部分《九阴真经》，用来破解《玉女心经》，并非完整的《九阴真经》。
王重阳于石棺中《九阴真经》留刻
共3张
林朝英墓中的嫁妆